Anfang Januar 1940 wurde er nach Wiener Neustadt zur Luftwaffe eingezogen und später nach Vöslau versetzt und ab Mitte 1940 an der Flugzeugführerschule in Wels in Oberösterreich. Dort an der FFS wurde er weiter ausgebildet und blieb bis Mai 1944 vorwiegend in Wels als Fluglehrer. Für kurze Zeit im Januar 1944 war er Werkspilot.
Im Juni 1944 wurde er zum Militärflugplatz Geithain in Sachsen in der Nähe von Leipzig versetzt und erhielt die Ausbildung zum Jagdflieger mit der Qualifikation Nachtjagd.

Die Ausbildung endete Mitte Juli und wurde kurze Zeit später versetzt nach Otterwisch bei Leipzig zur weiteren Ausbildung.
Er schreibt nach Hause: „Das Fliegen ist herrlich. Wir bewegen uns so zwischen 10 und 10000 m.“
Im August '44 kam der junge Leutnant nach Ludwigslust in Mecklenburg. Dort war der Standort seiner künftigen Nachtjagdgruppe. Kurze Zeit später wurde er auf dem Militärflugplatz Esperstedt westlich von Leipzig, zur 2./ JG300 versetzt. Er flog für die Staffel eine Messerschmidt Bf 109G-4AS mit der Wnr.: 780909, rote "8"

Als noch unerfahrener Jagdflieger ereillte ihn am 12.09.1944 das gleiche Schicksal, wie viele junge Jagdflieger auch. Während eines Luftkampfes fiel Ltn. Lutz Jänecke der Überzahl amerikanischer Jagdpiloten zum Opfer.

Die Absturzstelle lag bei Schönberg in der Nähe von Neuruppin, etwa 60 km nordöstlich von Berlin. Am 20. September 1944 wurde er auf dem Ehrenfriedhof in Neuruppin beigesetzt.

Erst am 22. April 1988 besuchte sein Bruder Joachim Jänecke den Friedhof in Neuruppin. Die Soldatengräber waren in einem sehr schlimmen Zustand. Erst nach der Wende in Deutschland kehrten die Angehörigen im Jahr 2000 zurück an die letzte Ruhstätte von Lutz Jänecke.
Der Ehrenfriedhof war neu angelegt worden. Es ist jetzt ein würdiger Friedhof für ähnliche hunderte deutscher Schicksale.

Grablage Lutz Jänicke

rote 8 der 2./ JG300 ??